ترتبط منظمة الفاو باعتبارها وكالة دولية متخصصة, بشراكات مع مثيلاتها من الوكالات, في إطار التعاون المتبادل, و التنسيق المشترك, و الأنشطةالمتكاملة, لضمان الأمن العالمي, و تحقيق رفاهية الشعوب , و هناك أحكام خاصة بالتمثيل المتبادل, من خلال المشاركة كمراقب في دورات الوكالات ،وفى المؤتمرات أو الاجتماعات الفنية التي تهم الفاو .تتجسد مظاهر شراكة الفاو مع الوكالات الدولية المتخصصة الأخرى في تحقيق التعاون لتكريس الأمن الغذائي العالمي, و الحد من الجوع و الفقر, وفي هذا السياق تم دراسة شراكة الفاو و الوكالة الدولية للطاقة الذرية في مجال البيئة والزراعة, و ضمان سلامة الأغذية, و نشر الطرق الزراعيةالمحافظة على البيئة , و تفعيل مصادر الطاقة البديلة من خلال الشعبة المشتركة لاستخدام التقنيات النووية في الأغذية و الزراعة , و فرقة العملالدولية التابعة للفاو المعنية بالأغذية المشتقة من التكنولوجيا الحيوية.كما ترتكز شراكة الفاو و منظمة العمل الدولية على الاهتمام بالتغذية لدورها الكبير في صحة البالغين و الأطفال, و تأثيرها في تطورهم الاجتماعي والاقتصادي, كما أن سوء التغذية سيؤدي لتدهور لياقتهم البدنية, و كفاءتهم العقلية, و هذا ينعكس على تأدية عملهم, حيث تولي المنظمتان اهتماماًكبيراً لتحسين الموارد البشرية، والاجتماعية، والطبيعية، والمادية, بطريقة متوازنة, ومنصفة, من خلال اللجان المشتركة بين الفاو و منظمة العمل الدولية,و برامج منظمة العمل الدولية.