Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) culture is an important business line conducted in fish farms on rivers, dam lakes and marine cages in our country and ın the world. But bacterial diseases of this fish due to mass production, stress and unsuitable environmental conditions can sometimes cause serious economic losses. As bacterial pathogens gain resistance, the use of probiotics instead of antibiotics in the control of these diseases gain importance.The aim of this MSc. thesis study is to determine the biochemical characteristics of pathogen bacteria by using conventional bacteriological methods recovered from rainbow trout cultured in Derbent Dam Lake, Samsun and molecular identification of these isolates with DNA isolation and PCR (Polymerase Chain Reaction) techniques. Also, in-vitro antagonistic effect of the probiotic bacteria Bacillus subtilis and Lactobacillus rhamnosus against pathogenic bacteria.During the 5 field sampling studies carried out between April and October 2017, 25 moribund rainbow trout samples were examined and bacteriological inoculations from their visceral organs such as liver, kidney and spleen were streaked onto TSA. Recovered bacteria were identified by using routine biochemical tests, rapid identification kits, 16S RNA sequencing and species-specific PCR methods. During the study, 47 Lactococcus garvieae, 10 Citrobacter freundii, 8 Hafnia alvei, 2 Bacillus gibsonii, 1 Frigoribacterium faeni and 1 Sphingomonas echinoides isolates were recovered and identified from the internal organs of moribound fish samples.Among the probiotic bacteria, B. subtilis showed antagonism against field isolate pathogenic bacteria namely L. garvieae, F. faeni, B. gibsonii and S. echinoides, but did not show antagonism against C. freundii and H. alvei. On the other hand, it was determined that the other probiotic L. rhamnosus has no antagonism against any of the pathogenic bacteria recovered from moribund fish samples.As a result, it was one more time revealed that the molecular methods are more sensitive than the routine biochemical methods in the identification of pathogens recovered from rainow trouts cultured in our country. With these results, the effects of probiotic bacteria such as B. subtilis on the pathogens of rainbow trout were revealed and the effect of the use of suitable probiotics on the disease prevention and control one more time. We predict that the increase in such applications, due to the decrease in the unconscious use of antibiotics in aquaculture sector, positive contribution on the fish, human and environment health will be provided.

Gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) yetiştiriciliği yurdumuzda ve dünyada karadaki akarsular üzerine kurulan balık çiftliklerinin yanı sıra baraj göllerinde ve denizdeki kafes ünitelerinde yoğun olarak gerçekleştirilmekte olan önemli bir faaliyet koludur. Ancak yoğun üretim, stres ve yetersiz ortam koşulları nedeniyle bu balıklarda görülen bakteriyel hastalıklar zaman zaman ciddi ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Patojen bakterilerin direnç kazanması nedeniyle bu hastalıkların kontrolünde ve tedavisinde antibiyotikler yerine probiotik kullanımı gittikçe önem kazanmaktadır.Bu yüksek lisans tez çalışmasında, Samsun ili Derbent Baraj Gölü'nde ağ kafeslerde yetiştiriciliği yapılan gökkuşağı alabalıklarında görülen patojen bakterilerin biyokimyasal özelliklerinin konvansiyonel bakteriyolojik yöntemlerle tespitinin yanısıra izole edilen bakterilerin DNA izolasyonu ve PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) tekniğiyle moleküler düzeyde teşhisinin yapılması amaçlanmıştır. Ayrıca bu çalışma kapsamında; probiyotik olarak kullanılan Bacilus subtilis ve Lactobacillus rhamnosus patojen bakterilere karşı in-vitro koşullardaki antagonistik etkisi de araştırılmıştır.2017 yılı nisan-ekim ayları arasında gerçekleştirilen 5 adet saha örnekleme çalışmasında çeşitli hastalık belirtileri gösteren 25 adet gökkuşağı alabalığı incelenmiş olup, bu balıkların karaciğer, böbrek ve dalak gibi iç organlarından TSA besiyerine bakteriyolojik ekimler yapılmıştır. İzole edilen bakteriler rutin biyokimyasal testler, hızlı tanı kitleri, 16S RNA dizileme ve türe özgü PZR yöntemleri ile identifiye edilmiştir. Çalışma boyunca hasta balıkların iç organlarından, 47 adet Lactococcus garvieae izolatı, 10 adet Citrobacter freundii izolatı, 8 adet Hafnia alvei izolatı, 2 adet Bacillus gibsonii izolatı, 1 adet Frigoribacterium faeni izolatı ve 1 adet Sphingomonas echinoides izolatı izole ve identifiye edilmiştir.Çalışmada patojenlere karşı antagonistik etkisi incelenen bakterilerden B. subtilis'in saha örneklerinden izole edilen L. garvieae, F. faeni, B. gibsonii ve S. echinoides üzerinde etkili olduğu gözlenirken, C. freundii ve H. alvei üzerinde ise etkili olmadığı tespit edilmiştir. Buna karşın, diğer bir probiyotik bakteri olan L. rhamnosus suşunun ise hasta balıklardan izole edilen patojen bakterilerden hiçbirine karşı antagonistik etkisinin olmadığı tespit edilmiştir.Sonuç olarak; bu çalışma ile ülkemizdeki gökkuşağı alabalıklarından izole edilen patojen bakterilerin tanısında moleküler yöntemlerin rutin biyokimyasal yöntemlere kıyasla daha duyarlı oldukları bir kez daha ortaya çıkarılmıştır. Elde edilen veriler sonucunda, B. subtilis gibi probiyotik bakterilerin alabalıklardaki patojen bakterilere karşı etkisi ortaya konmuş olup, uygun probiyotik kullanımının hastalıkların önlenmesi ve mücadelede etkili olduğu bir kez daha gösterilmiştir. Bu tip uygulamaların artması ile yetiştiricilik sektöründeki bilinçsiz antibiyotik kullanımının azaltılmasına bağlı olarak da balık, insan ve çevre sağlığına olumlu katkıda bulunulacağını öngörmekteyiz.