Sparus aurata (gilthead sea bream) is a very important fish fisheries and aquaculture species. Intensive aquaculture activities in the Mediterranean Sea and the Aegean Sea have negative impact on natural stocks. In this study, we examined genetic impact of cultured gilthead sea bream S. aurata on natural stocks in the Iskenderun Bay (Northeastern Mediterranean) by mtDNA sequencing analysis using 16S rRNA region.Mitochondrial DNA sequencing of 16S rRNA region was found to be 809 base pair and 21 bp variable and 3 bp parsimony informative sites between populations. The nucleotide composition was found to be 21.1%, 24.1%, 32.9% and 21.1% for T, C, A and G, respectively. Average value of genetic diversity and genetic distance within populations was found to be 0.00316 and -0.00088, respectively. A total of 12 haplotype were obtained of which 6 were in the natural population and 7 were in the cultured population. Haploit_1 was found common haplotype of which 12 were in the cultured population and 4 were in the natural population. Haplotype diversity of the cultured population was found to be 0.6710 while the natural population was found to be 0.8333. Haplotype diversity between populations was found as 0.7204. The average value of genetic diversity and genetic distance within cultured population 0.00109 and 0.00108, respectively. The average value of genetic diversity and genetic distance within natural population 0.00526 and 0.00525, respectively. The genetic relationships of individual tree by the UPGMA algorithm of all dataset of natural and cultured stocks had overlapped distribution.

Ülkemiz denizlerinde bulunan Sparus aurata (Çipura) hem avcılık hemde kültür balıkçılığı açısından son derece önemli bir türdür. Tüm Akdeniz ve Ege Denizi'nde yetiştiricilik faaliyetleri yoğun olarak yapılmaktadır ve doğal stoklarla olumsuz yönde etki etmektedir. Bu çalışmada, 16S rRNA geni dizin analizi tekniği ile İskenderun Körfezi'nde (Kuzeydoğu Akdeniz) açık deniz kafeslerinde kültür balıkçılığı yapılan çipura, S. aurata'nın doğal stokları üzerindeki genetik etkilerini belirlemek amaçlanmıştır.Mitokondriyal DNA dizi analizi sonucunda kullanılan 830 bç'lik 16S rRNA gen bölgesinin 21 bç'lik kısmı değişen bölge olup, 3 bç'lik bölge ise populasyonlar arasında parsimoni anlamlı bölge görevi görmüştür. Nükleotid kompozisyonu T= %21.9, C=%24.1, A=%32.9 ve G=%21.1 olarak tespit edilmiştir. Populasyonlar içi ortalama genetik uzaklık ve genetik çeşitlilik değerleri sırasıyla 0.00316 ve -0.00088 olarak bulunmuştur. Doğal populasyonda 6, kültür populasyonunda 7 olmak üzere toplam 12 haplotip gözlemlenmiş olup, genel haplotip olan Haploit_1 kültür populasyonunda 12, doğal populasyonunda ise 4 adet gözlemlenmiştir. Kültür populasyonunda haplotip çeşitliliği 0.6710, doğal populasyonlardaki ise 0.8333 olarak bulunmuştur. Populasyonlar arası ortalama haplotip çeşitliliği ise 0.7204 olarak bulunmuştur. Kültür populasyonu içi ortalama genetik uzaklık ve genetik çeşitlilik değerleri sırasıyla 0.00109 ve 0.00108 olarak bulunmuş, doğal populasyonu içi ortalama genetik uzaklık ve genetik çeşitlilik değerleri ise sırasıyla 0.00526 ve 0.00525 olarak bulunmuştur. Veri setinin tamamı kullanılarak UPGMA algoritması ile oluşturulan bireylerin genetik ilişkisi ağacında doğal ve kültür stoklarının İskenderun Körfezi'nde iç içe girdiği gözlemlenmiştir.